Sejak berdiri tahun 1990 dan memperoleh legitimasi pemerintah Departemen Agama Provinsi Sulawei Tengah dengan SK No.W.s/5-a/TL.01/727/90, maka pada tanggal 12 Mei 1991 Sekolah Tinggi Teologi Marturia Palu yang bernaung di Yayasan Istana Marturia mulai melaksanakan Tridarma perguruan tinggi ( Pendidikan, Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat). Semula proses perkuliahan dilaksanakan di gedung yang sangat sederhana, namun dengan semangat dan pengharapan iman yang teguh. Gedung itu kini tinggal kenangan (Jalan Sisingamangaraja), karena sejak tahun 1993 kampus STT Marturia Palu dipindahkan ke Jalan Batu Bata Indah 87 A Kelurahan Tatura Utara, Kecamatan Palu Selatan. Di Lokasi inipun, sarana dan prasarana dalam rangka proses perkuliahan masih sangat terbatas. Dengan gedung berdingdingkan papan, tanpa pendingin ruangan dan gangguan dari anak-anak berandalan, proses perkuliahan terus dapat berlangsung. Ini semua diaminkan semata-mata karena penyertaan Tuhan atas lembaga ini.
Setelah dipimpin oleh 2 orang Ketua (Drs. F. Purnama 1991-1993 dan Drs. Datlin Tamalagi 1994-1999), Sekolah Tinggi Teologi Marturia Palu mulai mengalami perubahan dan pembaharuan di bawah pimpinan seorang Pendeta, yakni Pdt. Irianto S. Dj. Kongkoli, M. Th. Semangat pluralisme yang adalah latar belakang ilmu Teologi Pdt. Irianto S. Dj. Kongkoli, M. Th mulai mempengaruhi pola berteologi di STT Marturia Palu. Hubungan dengan masyarakat di sekitar kampus yang mayoritas adalah penduduk asli dan beragama Muslim mulai terjalin dalam bentuk solidaritas demikian juga dengan Perguruan Alkhairat. Pembangunan dan pengembangan sarana dan prasaranapun mulai dilakukan. Tapi pada tahun 2006 peristiwa yang memilukanpun terjadi, Ketua STT Marturia Palu yaitu Pdt. Irianto S. Dj. Kongkoli tewas ditembak oleh orang yang tidak dikenal. Peristiwa ini mengakibatkan masa kelam di STT Marturia Palu. Pelaksanaan seluruh proses perkuliahanpun terbengkalai. Sehingga kemudian pada akhir tahun 2006 Pdt. Selfianus Sekeon, S. Th melanjutkan tampuk kepemimpinan di STT Marturia Palu hingga 2013.
Pada tahun 2007 STT Marturia Palu diperhadapkan lagi pada pergumulan yang tidak ringan. Dalam waktu yang sangat terbatas STT Marturia Palu dituntut harus mempersiapkan seluruh persyaratan dalam rangka memperoleh legitimasi pemerintah dalam hal ini kementerian Agama. Dengan kerja keras yang dimpin oleh Drs. Roberth Parengkuan, MA, M. Th dan semua pihak, maka berdasarkan Surat Keputusan berdasarkan SK No. D. J. III/Kep/HK.005/132/2008 Sekolah Tinggi Teologi Marturia Palu Program Studi Teologi Kependetaan demikian juga dengan program studi Pendidikan Agama Kristen memperoleh izin penyelenggara.
Pada tahun 2010, Sekolah Tinggi Teologi Marturia Palu seakan menikmati secercah cahaya baru seiring dengan penerimaan Sinode GPID sebagai gereja pemilik, yang dikelola oleh Yayasan Tunas Harapan Mandiri sesuai dengan keputusan Sidang Sinode GPID tahun 2010. Selanjutnya pada tahun 2011 berdasarkan SK. No.DJ.III/Kep/HK.00.5/629/2011 Sekolah Tinggi Teologi Marturia Palu kemudian memperoleh izin perpanjangan penyelenggara. Selama proses ini, Sekolah Tinggi Teologi Marturia tidak pernah berbangga diri, melainkan mensyukuri semuanya sebagai karunia Tuhan. Walaupun banyak pihak yang “mencibir” bahkan menyebarluaskan informasi yang salah tentang STT Marturia Palu, akan tetapi hal tersebut tidak menjadikan pengurus bahkan seluruh keluarga besar STT Marturia Palu berkecil hati dan mendendam. Sebaliknya semua pengalaman tersebut dijadikan sebagai motivasi dalam rangka meningkatkan kualitas Sekolah ini dari masa ke masa.
Perjalanan Sekolah Tinggi Teologi Marturia Palu, baik Prodi Teologi Kependetaan maupun Pendidikan Agama Kristen ternyata belum juga tiba pada titik aman dan tenang. Tuntutan kembali diperhadapkan kepada STT Marturia Palu, yakni bahwa semua perguruan Tinggi harus mendapat legalitas formal melalui Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi. Perjuangan menuju BAN PT bukanlah hal yang dimudah. Sekali lagi, STT Marturia Palu terus berupaya semaksimal mungkin dalam waktu yang sangat terbatas demi memperoleh Akreditasi BAN-PT. Berawal dengan pembentukan tim kerja yang dipimpin oleh Pdt. I Gede Eka Wisana, S. Th, selaku Pembantu Ketua I Bidang Akademik, maka tim mulai bekerja dengan mengutus Pdt. Bendrio P. Sibarani, M. Teol selaku Ketua Program Studi Teologi Kependetaan untuk mengikuti pelatihan pendampingan BAN PT di Makassar dari tanggal 26-27 Maret 2012.
Setelah menyelesaikan dan menyerahkan pengisian Formulir dan Evaluasi diri Program Studi Teologi Kependetaan ke BAN-PT, Tim Asessor BAN PT pun melakukan visitasi terhadap Program Studi Teologi Kependetaan. Jalan panjang menggapai harapan ternyata tidak mengecewakan, sebab di sepanjang jalan tersebut Tuhan tidak membiarkan STT Marturia Palu berjalan sendiri. Sehingga berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor: 151/SK/BAN-PT/Ak-XVI/S/2013 Program Studi Teologi Kependetaan STT Marturia Palu terakreditasi BAN PT. Jalan Panjang akhirnya tergapai karena berjalan bersama Tuhan tibalah pada apa yang diharapkan. Dengan tetap mengandalkan Tuhan Program Studi Pendidikan Agama Kristenpun kiranya akan tiba pada harapan. Jalan Panjang Menggapai Harapan Terwujud Semata-Mata Karena Penyertaan Tuhan.
